В честь героя Советского Союза Михаила Бондаренко назван буксир Днепровского пароходства. В мае 1943 года в городе Туапсе, в сквере имени А.М.Горького, был установлен и открыт памятник морякам-черноморцам защитникам города, ведь именно в Туапсе размещалась военно-морская база Черноморского флота. Здесь базировались подводные лодки, дивизионные сторожевые катера, тральщики, эсминцы, крейсера. Отсюда они уходили в десанты на Малую землю, Новороссийск, Керчь, топили вражеские подводные лодки и транспортные суда. Сам памятник, как будто цепями навечно прикован к Черноморскому порту, на трех его гранях таблички с высеченными имена погибших героев, среди первых имя Михаила Григорьевича Бондаренко-капитан-лейтенанта, командира 9-го дивизиона КТЩ.